Справившись с Боузером и защитив Бруклин, Марио снова оказывается втянут в опасные события. На этот раз угроза исходит от неожиданного союза — коварные Варио объединились с Боузером-младшим. Их амбиции простираются далеко: они мечтают подчинить себе весь мир.
Марио не одинок в этом противостоянии. Рядом с ним верные друзья, всегда готовые прийти на помощь. К ним присоединяется и неунывающий динозаврик Йоши. Вместе им предстоит пройти через множество испытаний, чтобы сорвать коварные замыслы врагов и не дать им установить свой контроль над всеми королевствами.